有些专家认为，大气治理中总量控制只是手段而不是目标，环境质量才是目标。如果修法中二者法律地位颠倒，像过去那样不着重对目标进行考核而是考核手段，必然出现目前这种减排任务完成，环境质量却未改善的局面。
在京津冀地区被雾霾问题困扰的时候，珠三角的PM2.5年均浓度值已经基本不算个大问题，2015年上半年只有35微克每立方米，已然算实现了达标。但是，另一种大气污染物——臭氧的问题却引起了人们的关注。简单地说，作为接近地面污染物的臭氧，除了自然界产生的那部分之外，还有很重要的一部分来源于人为产生的挥发性有机污染物和氮氧化物的相互作用。对挥发性有机污染物和氮氧化物的减排，广东省都走在了全国前列。奇怪的是，2014年，广州市氮氧化物的排放量大幅低于2013年，但是臭氧却增加了10%左右。
在大气污染物的治理方面，感到困惑无措的不仅是各地基层环保官员，中国电力企业联合会秘书长王志轩算了一笔账之后，也感到不解。全国共约4万亿千瓦时的燃煤电厂，如果按照“十二五”总量控制的目标来减排，二氧化硫和氮氧化物的年排放量分别达到800万吨和750万吨就可以了;但是，如果要按照《火电厂大气污染物排放标准》要求，则对应二氧化硫和氮氧化物的最高允许年排放量分别为367万吨和182万吨，还有烟尘是55万吨;假设要按照“超低排放”要求，那么这三项污染物加起来则不得超过160万吨。
实际上火电厂的排放又是什么情况呢?根据中电联的统计，2014年，全国电力烟尘、二氧化硫、氮氧化物排放量分别降至98万吨、620万吨、620万吨左右。换言之，全行业提前达到了“十二五”减排目标，却远远没有实现达标排放。有专家质疑，超低排放要求、排放标准要求、总量控制要求、防治计划要求、专项规划要求、环境影响评价要求等，是哪个严执行哪个，还是谁权大执行谁的，还是“县官”不如现管?
王志轩对诸类要求之间的“不兼容”也感到疑惑：“燃煤电厂都装设了烟气在线连续监测系统，并且都连接了环保部门、电力监管部门、电网调度部门，但为什么这些监测数据不能直接计算得出排放总量而是要另辟途径专门核算?有的电厂一年接受几十次上百次各种检查，有的环保部门干脆在关键时间派人轮值监督，环保部门辛苦，企业更加辛苦，这种方式可持续吗?”
原本，人们或指望通过立法来理顺这层关系，但遗憾的是，迄今为止，总量、标准、质量之间的法理关系仍然主次不分、层次不明，由此导致需要“落地”的那些《大气法》细节条款也依旧语焉不详。
全国人大常委、中科院科技政策与管理科学研究所所长王毅说，总量减排首先应该跟环境质量挂起钩来，其次得在有效的污染源清单、源解析等工作相对完善的基础上获得数据，最后要做就得做全污染物的总量才可以，不能搞几个“主要污染物”全国统一来减。因为不同地区的污染结构是不一样的。
总量控制规划的减排任务都完成了，但是环境质量却未见改善，这种尴尬的局面让人不得不反思，过去十年是不是犯了方向性的错误，或者至少是事倍功半了。现在，已经被“国十条”舍弃的这种计划经济式的“指标减排”套路，反而在目前的《大气法》修法过程中被新增了进去，与各地已经展开的工作无法协调一致。
环境规划院副院长兼总工王金南提出，只有在达标排放不能实现大气环境质量改善目标的前提下，才可以进行总量控制。目前草案中总量控制描述有逻辑错误，也得改过来。否则一错再错，贻害无穷。
中国政法大学教授王灿发说，公众的“清洁空气权”，以及公众对政府、企业进行有效监督的权利如何得到落实等，在语焉不详的文本里，或者是责权不清的条款上，社会公众很难获得有效参与的路径。
