重要生态功能保护区属于禁止和限制开发地区，而且主要分布在老、少、边、贫的山区或是少数民族自治区。为了保护良好的生态环境，限制、禁止开发这些地区，当地就要付出财政成本和发展机会成本。因此，必须尽快建立完善生态补偿制度，保证功能区规划落到实处。
生态补偿制度亟待建立
清新的空气、清洁的水源、宜人的气候等生态产品与农产品、工业品一样，都是人类生存发展所必需的。生态产品的主体功能体现在改善生态环境质量、水源涵养、水土保持、保护生物多样性等。因此，生态产品不仅能使某一个地区或者某一家企业受益，而是具有社会性。党的十八届三中全会提出，要健全自然资源资产产权制度和用途管制制度，划定生态保护红线，实行资源有偿使用制度和生态补偿制度，改革生态环境保护管理体制。可见，生态补偿制度是生态文明制度体系的重要组成内容，是推进生态文明建设的基本制度保障。
首先，生态补偿制度可促进生态区转型发展。建立生态补偿制度就是要实现人与自然和谐发展，对资源的开发利用要建立在生态系统的自我恢复能力可承受范围之内，实现可持续发展。以湖南省江华瑶族自治县为例，近年来，自治县大力实施生态立县战略，编制了《江华瑶族自治县国家级生态县建设规划》，并根据自然条件将全县划分为4个生态经济区，实施生态林业、生态农业、生态工业、生态旅游业，实现经济转型发展。
其次，生态补偿制度可促进生态区持续发展。《全国主体功能区规划》制定了优化开发、重点开发、限制开发、禁止开发等政策。限制开发、禁止开发区大多是经济欠发展的边远山区，如果没有生态补偿制度保障，生态功能区保护就难以取得实效。
第三，生态补偿制度可均衡生态区发展机会成本。生态补偿制度加强了对生态功能区的扶持力度，使生态功能区内的民众在心理上取得平衡，进而提高其保护生态的积极性。比如，江华瑶族自治县境内矿产资源丰富，多金属成矿带贯穿。但是，为推动湘江源头地区全国生态文明先行示范区建设，江华瑶族自治县将进一步扩大禁采区范围，对原已设置的矿业权不再给予延续，并制定相应的退出补偿和赔偿机制。
第四，生态补偿制度可弥补生态区财政民生成本。限制、禁止开发，生态保护区就要付出财政民生成本。生态补偿制度通过一定的政策手段实现对生态环境保护投资者的合理回报，增强生态产品的生产和供给能力，激励人们从事生态环境保护投资并使生态环境资本增值，使生态环境保护成为自觉的行为。
建立生态补偿制度的思考
只有通过生态补偿制度获得合理补偿，重要生态功能保护区所在地区才能实现均衡发展。
一是补偿法定化。建立健全生态补偿法律制度是确立生态环境资源价值属性的要求，是权利和义务对等性原则的体现，也是经济发展和保护生态利益的必然选择。针对目前生态补偿制度存在的立法缺陷，以及理论技术上和管理体制上的问题，应加快制定实施生态补偿条例。明确生态补偿的基本原则、主要领域、补偿范围、补偿对象、资金来源、补偿标准、考核评估办法等，明确生态补偿后地方政府的生态保护责任，制定可操作的生态补偿实施方案和考核办法。建立生态文明考核评价体系，要把资源消耗、环境损害、生态效益纳入经济社会发展评价体系，建立体现生态文明要求的目标体系、考核办法、奖惩机制。通过生态文明考核评价制度，激发各级政府部门、广大干部的工作积极性、主动性和创造性，促进节能减排、环境保护和生态建设，使之成为建立生态补偿制度的重要导向。
二是标准定量化。生态环境受损后的影响是多方面的，影响的利益主体是多元的。因此，补偿标准应逐步发展成为一个系统的指标体系。要完善国家生态补偿标准的测算方法。可按照《全国主体功能区规划》中生态保护功能区的人口、国土面积、地表径流量、森林植被覆盖率等参数测算单位面积的补偿标准，制定生态补偿标准，逐步形成标准体系。要尽快制定和完善监测评估指标体系。综合运用效果评价、随机评估等方法，开展生态补偿研究，逐步建立资源环境价值评价体系，健全重点生态功能区空气环境质量、跨境断面水量水质和水量的自动监测网络。制定和完善监测评估指标体系，及时提供动态监测评估信息。
三是方式财政化。生态补偿方式应当以政府财政转移支付为主体，充分发挥生态功能区保护的国家意志，强化生态补偿的政策性、强制性和专一性。辅以对口支援、专项资金资助和税赋减免等，研究设立国家生态补偿专项资金。建议开征生态环境保护税，作为使用环境资源的合理补偿，建立生态补偿资金的固定来源。同时，充分应用经济手段和法律手段，探索多元化生态补偿方式。搭建协商平台，完善支持政策，引导和鼓励开发地区、受益地区与生态保护地区、流域上游与下游通过自愿协商建立横向补偿关系。采取资金补助、对口协作、产业转移、人才培训、共建园区等方式实施横向生态补偿。积极运用碳汇交易、排污权交易、水权交易、生态产品服务标志等补偿方式，探索市场化补偿模式，拓宽资金渠道。
四是管理规范化。构建生态补偿制度，必须确立统一的管理机构，实行统一的管理办法。建立统一的管理机构，使生态补偿实现重要决策有平台、部门协调有途径、日常工作有人管。监督生态补偿资金的使用，保障资金全部用于生态建设、生态资源保护、节能减排、生态修复、环境治理和民生基本公共服务领域，充分发挥专项资金的作用。建立生态补偿使用绩效考核评估长效机制，要建立和完善县域生态环境质量考核体系，将考核指标的要求贯彻到生态文明创建的全过程中。全面推进农村环境污染整治，加强自然保护区建设，严格考核财政生态补偿资金的使用绩效，更好地发挥财政生态补偿金的激励和引导作用。
