虽然我国推广合同能源管理模式已初见成效，节能服务公司数量快速增长，项目投资总额不断加大，各项政策优惠措施得到逐步落实 ，但节能服务产业的发展仍然处于初级阶段，进一步发展还有诸多不利的环境和障碍需要克服，发展仍然面临着一系列问题，主要表现 在以下几个方面：
(一)原有纳税负担过重，税收优惠政策出台后尚未落到实处
在税收优惠政策实施前，在现行的我国税收制度下，基于市场运作的EMC公司为客户提供优质的服务，其中也包括通过面向全社会的采购为客户优选节能设备。然而我国的税务部门总是把EMC看作是一般的节能设备销售商，把EMC公司与客户的节能服务合同看成设备购销合同，把EMC的服务费视同一般节能设备销售商的加价，纳入增值税的规范，也就是说，把本应该是服务税的部分变成了增值税;与此同时，EMC公司的收益来自于节能效益分享，由于税务部门把EMC的服务看作简单的设备销售，因此把节能效益分享看成了设备销售的分期付款。根据我国的税收制度的权责发生制，在EMC公司把节能设备安装到客户后就被认定为设备销售已经实现，这样，在EMC为客户实施节能项目后还只刚刚开始分享节能效益时，就被认定应立即按合同全额上缴企业所得税。
尽管2010年12月30日《财政部、国家税务总局关于促进节能服务产业发展增值税 营业税和企业所得税政策问题的通知》(财税[2010]110号)出台，自2011年1月1日起执行税收优惠政策，但由于是新生事物，各地尚未出台具体操作细则，可操作性差，税收优惠的政策没有落到实处，真正享受到税收优惠政策的企业少之又少，没有起动应有的推动作用。
(二)目前的信誉环境不利于EMC公司的发展
由于目前我国企业的信誉环境尚待改进，无论是EMC公司还是耗能企业(EMC的客户)，都存在这个问题。企业怀疑EMC公司的承诺是否是真的;EMC公司怀疑客户能否真正按合同分享节能效益。
(三)在现行的政府机构财务管理制度下，EMC公司难于为政府机构实施节能项目
1992年美国两院议会通过议案要求政府机构与EMC公司合作，以合同能源管理模式实施政府楼宇的节能改造，从而达到既不需要增加政府预算，又取得政府机构带头节能的效果。
在这个法案中，允许政府机构在不增加能源费用的前提下，把合同能源管理项目所节约的能源费用与EMC公司分享;同年加拿大政府也通过实施“联邦政府建筑物节能促进计划”(简称FBI)，以合同能源管理模式推动政府机构的节能。然而，在我国现行的政府机构财务管理制度下，EMC公司不可能与政府机构分享节能效益，除非政府财政系统作出适当的决定，允许政府机构在不增加能源费用的前提下与EMC公司分享节能效益，或允许节能改造费用视同能源费用列入政府机构的预算和采购。此外，政府机构节能效益没有建立奖励制度，物业管理人员没有任何积极性。
(四)金融机构尚未能积极为合同能源管理项目融资
目前，我国的EMC公司很难通过银行等金融机构为合同能源管理项目融资，其原因主要是：我国的EMC公司都属于中小企业，刚刚成立的EMC公司在金融系统尚未建立信誉;节能项目不像一般的建设项目能形成抵押物;银行等金融机构的信贷评估部门尚不熟悉EMC公司的业务;尽管我国的《物权法》已于2007年10月1日生效，但是EMC公司大量的投资所形成的资产(设备和合同应收款)留在客户企业(待分享效益后才能实现)，银行等金融机构往往不承认这种资产的实在性，也不认可把这种资产作为信誉抵押。在发达国家不存在这些问题，政府也鼓励银行等金融机构为节能项目融资。
(五)节能服务产业尚不规范
虽然有多方面的政策支持，已为在我国具体条件下实施合同能源管理项目提供了宝贵的经验，但是EMC公司毕竟还是处于早期发展中的产业，尚无成熟的行业规范，诸如服务标准、节能量检测和认定方法、合同规范等。目前处于鱼目混珠的状态。不少能源服务公司专业化不强，缺乏运营能力。节能服务公司的运营机制是全新的，又比较复杂，潜在的节能服务公司基本都没有受过专业培训，大多数缺乏综合技术能力、市场开拓能力、商务计划制定能力、财务管理与风险防范能力、后期管理能力等，降低了向用户提供服务的水平。
(六)节能服务公司的技术障碍
节能项目是一项技术性很强的项目，国内现在有很多节能技术，一些技术还非常有效，投入产出比很高。可问题是技术非常混乱，鱼目混珠，有些节能服务公司能力不强或者夸大节能效果。由于缺乏比较权威、有效的信息，企业很难判断哪些技术是真的，哪些是假的，哪些技术最合适，技术到底有没有风险。这就需要提供信息服务和检测服务，但社会上还缺乏完善检测队伍和检测机构，节能检测的能力建设滞后。
