虽然我国推广合同能源管理模式已初见成效，节能服务公司数量快速增长，项目投资总额不断加大，各项政策优惠措施得到逐步落实，但节能服务产业的发展仍然处于初级阶段，进一步发展还有诸多不利的环境和障碍需要克服，发展仍然面临着一系列问题，主要表现在以下几个方面：
1、原有纳税负担过重，税收优惠政策出台后尚未落实到实处
在税收优惠政策实施前，在现行的我国税收制度下，基于市场运作的EMC公司为客户提供优质的服务，其中也包括通过面向全社会的采购为客户优选节能设备。然而我国的税务部门总是把EMC看作是一般的节能设备销售商，把EMC公司与客户的节能服务合同看成设备购销合同，把EMC的服务费视同一般节能设备销售商的加价，纳入增值税的规范，也就是说，把本应该是服务税的部分变成了增值税;与此同时，EMC公司的收益来自于节能效益分享，由于税务部门把EMC的服务看作简单的设备销售，因此把节能效益分享看成了设备销售的分期付款。根据我国的税收制度的权责发生制，在EMC公司把节能设备安装到客户后就被认定为设备销售已经实现，这样，在EMC为客户实施节能项目后还只刚刚开始分享节能效益时，就被认定应立即按合同全额上缴企业所得税。
尽管2010年12月30日《财政部、国家税务总局关于促进节能服务产业发展增值税营业税和企业所得税政策问题的通知》(财税[2010]110号)出台，自2011年1月1日起执行税收优惠政策，但由于是新生事物，各地尚未出台具体操作细则，可操作性差，税收优惠的政策没有落到实处，真正享受到税收优惠政策的企业少之又少，没有起动应有的推动作用。
2、目前的信誉环境不利于EMC公司的发展
由于目前我国企业的信誉环境尚待改进，无论是EMC公司还是耗能企业(EMC的客户)，都存在这个问题。企业怀疑EMC公司的承诺是否是真的;EMC公司怀疑客户能否真正按合同分享节能效益。
3、在现行的政府机构财务管理制度下，EMC公司难于为政府机构实施节能项目
1992年美国两院议会通过议案要求政府机构与EMC公司合作，以合同能源管理模式实施政府楼宇的节能改造，从而达到既不需要增加政府预算，又取得政府机构带头节能的效果。
在这个法案中，允许政府机构在不增加能源费用的前提下，把合同能源管理项目所节约的能源费用与EMC公司分享;同年加拿大政府也通过实施“联邦政府建筑物节能促进计划”(简称FBI)，以合同能源管理模式推动政府机构的节能。然而，在我国现行的政府机构财务管理制度下，EMC公司不可能与政府机构分享节能效益，除非政府财政系统作出适当的决定，允许政府机构在不增加能源费用的前提下与EMC公司分享节能效益，或允许节能改造费用视同能源费用列入政府机构的预算和采购。此外，政府机构节能效益没有建立奖励制度，物业管理人员没有任何积极性。
4、金融机构尚未能积极为合同能源管理项目融资
目前，我国的EMC公司很难通过银行等金融机构为合同能源管理项目融资，其原因主要是：我国的EMC公司都属于中小企业，刚刚成立的EMC公司在金融系统尚未建立信誉;节能项目不像一般的建设项目能形成抵押物;银行等金融机构的信贷评估部门尚不熟悉EMC公司的业务;尽管我国的《物权法》已于2007年10月1日生效，但是EMC公司大量的投资所形成的资产(设备和合同应收款)留在客户企业(待分享效益后才能实现)，银行等金融机构往往不承认这种资产的实在性，也不认可把这种资产作为信誉抵押。在发达国家不存在这些问题，政府也鼓励银行等金融机构为节能项目融资。
5、节能服务产业尚不规范
虽然有多方面的政策支持，已为在我国具体条件下实施合同能源管理项目提供了宝贵的经验，但是EMC公司毕竟还是处于早期发展中的产业，尚无成熟的行业规范，诸如服务标准、节能量检测和认定方法、合同规范等。目前处于鱼目混珠的状态。不少能源服务公司专业化不强，缺乏运营能力。节能服务公司的运营机制是全新的，又比较复杂，潜在的节能服务公司基本都没有受过专业培训，大多数缺乏综合技术能力、市场开拓能力、商务计划制定能力、财务管理与风险防范能力、后期管理能力等，降低了向用户提供服务的水平。
6、节能服务公司的技术障碍
节能项目是一项技术性很强的项目，国内现在有很多节能技术，一些技术还非常有效，投入产出比很高。可问题是技术非常混乱，鱼目混珠，有些节能服务公司能力不强或者夸大节能效果。由于缺乏比较权威、有效的信息，企业很难判断哪些技术是真的，哪些是假的，哪些技术最合适，技术到底有没有风险。这就需要提供信息服务和检测服务，但社会上还缺乏完善检测队伍和检测机构，节能检测的能力建设滞后。中科宇杰
