“现在一提到中国碳市场，很多人的第一反应会是价格或者流动性。”能源咨询机构Ecofys高级碳市场分析师吴倩拿出一份分析报告《中国碳排放交易机制：配额分配初始评估》(以下简称《报告》)向21世纪经济报道记者表示，“其实分配问题应得到更多关注，这与成本效率和价格问题都息息相关，对企业履约也有直接影响。”
目前，国际使用的主要分配方法为历史法、基准法和拍卖法。目前中国碳排放权交易试点的分配的主要特征是，绝大多数配额是免费发放并基于历史法；除了电力和供暖领域，基准法尚未大规模使用；越来越多的试点开始实验拍卖。
目前，六个运行中的碳排放权交易试点已分配了10亿多吨二氧化碳排放配额给约1810个中国的控排企业或单位。大多企业对于分配制度大体满意。
不过，吴倩指出，虽然分配方案没有满足到控排企业的所有利益，但为了开发更高效率和更公平的分配方法，一些企业依然对现有分配方法存有疑虑。
出于开发更高效率和更公平的分配方法的目的，一些企业依然对分配存在一些疑虑。
《报告》指出未来的两年非常关键，中国碳交易试点应该学习和改进分配方案。配额分配是碳交易机制的核心要件，合理分配需要行业专业知识和数据支持。
分配方法学待考
2013 年启动碳排放权交易试点，试点地区的发改委相继发布了《碳排放配额计划》。总结下来，历史法是目前中国碳排放权试点中使用最多的方法。
为了解决基准年限期间产量的显著差异问题，有的碳排放权交易试点采用了特殊措施。
例如上海规定，如果2009年到2011年年排放量增长超过50%，允许企业使用最近一年的数据。然而，过去三年中国的经济增长速度不如以前，平均GDP增长速度是7.8%，而2000至2010年约为10%。中国的二氧化碳总排放量增长在2012年也放缓(3%)，而过去十年间每年增速为 10%。企业的历史生产活动并不是满负荷运行，而用历史方法会在企业未来排放时出现漏洞。
目前，除了深圳，中国大多数试点地区都有基于历史排放强度或历史排放量的免费分配制度，有的考虑了行业增长或能效因子。但并没有向外公布所有计算因子。在某些试点项目中，即使控排企业也不完全清楚不同因子是如何计算的。
而所有ETS试点都在数据允许条件下进行了基准法的尝试，通过选择行业基准进一步奖励最高效的企业。
尽管中国碳排放权交易各个试点略有不同，但大多数供电供热企业的配额分配是基于不同燃烧技术和设施的产能基准。这些基准的基本公式以“每兆瓦时排放二氧化碳吨数”表示。
中国基准法的使用与欧洲碳排放权交易体系的方法不同，因为对单一产品(比如电力)使用了多种基准(即按照使用技术区分).
《报告》指出要慎重使用基于附加值的基准法。关于“行业附加值”基准法，很重要的一点是需要理解该指标不一定能反映真正的生产排放表现，原因是不同行业有不同的附加值结构。应该鼓励使用基于产品的基准法，使得可以比较的产品能互相比较其排放效率。
单个企业配额分配方法未知
尽管目前控排企业对于分配制度大体满意，但是出于开发更高效率和更公平的分配方法的目的，一些企业还是提出了疑虑。
《报告》中指出，行业希望分配规则更加详细和透明。事实上，各碳排放权交易试点发布的“碳排放配额分配方案”仅仅概括了配额分配的规则。
各交易试点对单个控排企业的分配方法并未公布，也未公布分配明细。
此外，《报告》中指出一些企业强烈反对历史法，特别是有高效技术的企业，因为他们认为历史法某种程度上是在补贴低效设施。
“因此，初始免费配额额度不应只基于历史排放数据。”吴倩认为。
对于在多个试点区域拥有设施的公司而言，管理配额并遵守相关规范是比较困难的。电力部门相对比较容易处理，因为所有试点在纳入电力企业时考虑了设施的排放效率。即便如此，电力公司还是花费大量时间理解不同试点中分配方法的细微差异。
就制造业领域而言，分配规则差异更大，增加了企业的管理成本。例如，某个碳排放较多的化工设施不需要参加广东省的碳排放权交易，而同一公司的较小设施却需要参加天津碳排放权交易。因为广东并不将化工业作为覆盖行业，而天津却相反。
根据目前所出现的一些问题，《报告》建议，开发并公开详细的分配计划。政府应该公开与配额计算过程和分配到具体设施过程相关的有效信息。这将会增加分配过程的透明性，提升系统公信力。行业将能理解规则并从中获益，也会贡献行业信息。
此外，逐渐减少免费分配的比例，并谨慎考虑行业竞争性。只有市场获得未来政策将从紧这一信号，投资才会流向提高能源效率或其他减排措施。
《报告》还指出，需要鼓励并谨慎安排拍卖。对于拍卖的低价、拍卖的总量等关键问题需要认真研究。应该最大程度减少政府对拍卖的干预。通过公共竞拍平台，用市场机制发现碳价格是成本效率较高的拍卖方法。不过其仍有许多问题尚待解决，例如，拍卖的法律地位、谁是拍卖方、如何使用收入等。
