福建省政府出台了《开展万里安全生态水系建设的实施意见》，制定了水系建设的主要目标、基本原则、基本措施、组织实施等，明确2020年基本实现“河畅、水清、岸绿、安全、生态”的目标。
《意见》强调，统筹中央、省级涉及生态建设、江河治理、中小河流综合治理、水土保持等水利专项项目和资金，集中用于安全生态水系建设。县级人民政府应根据实施意见，按照“一河一方案一清单”的要求，编制简要明确的实施方案，每年6月前向省水利厅和省财政厅申报。
项目采用竞争性立项等办法进行评审。采取定额补助、绩效考核并按考核结果进行奖惩的方式，对严格按照批复的方案和项目清单组织实施并经验收合格的给予补助。省级按照项目工程实际投资额的一定比例予以补助，补助比例分3档，第一档80%、第二档60%、第三档50%，以项目为单位，每公里补助最高将达100万元。
《意见》明确，按照“一年搞好试点、两年逐步铺开、三年初见成效、五年基本完成”的要求，至2020年完成万里安全生态水系建设任务。使福建城镇乡村所在地、重要饮用水水源保护区、主要生态敏感区等所在水系生态系统得到恢复;使水量更充足、水流更自然、水质更良好，使河岸和河床更加符合自然、稳定和渐变态势，沿河动植物尤其是水生生物更加丰富多样，水系自身结构更加完整，防洪安全体系更加完善。
同时，结合各地实际，明确不同河段的功能定位，确定治理内容，列出项目清单，制定相应生态水系建设具体实施方案，充分体现不同地域水系的自然特色，防止千篇一律。
《意见》要求，用生态方式改善河水，改良河床，重塑河滩。通过人工湿地、生态浮岛、曝气复氧、生物膜法等生物净化措施，结合当地政府及相关部门开展截污控污等水环境综合整治，改善水体水质。
