伴随着经济社会的飞速发展，我国的生态环境形势日益严峻。党和国家对此高度重视，提出建设美丽中国的战略任务，大力推动生态文明建设，并加快推进环境保护税立法进程。为实现这一目标，在环境保护税立法过程中，应着重处理好以下六对关系。
处理好两个体系之间的关系。环境税的开征涉及环境管理体系和税务征收管理体系。这两个体系由不同部门负责实施，两部门之间应相互支持配合、协同共进。就征税机构而言，若向污染者征收环境税，就必须首先了解污染者的生产运行情况，核定其耗费环境资源的具体数量。然而，由于征税机构与污染者之间存在信息不对称的问题，且缺乏核实企业耗费环境资源情况的技术能力，故需要环保部门提供相关支持。与此同时，征税部门通过征收环境税，有助于遏制环境污染行为，促进环境质量提升。
处理好环境保护税收入分配和使用之间的关系。首先，要处理好中央与地方收入分配的问题。我国开征环境税主要通过费改税的形式进行，排污费收取后主要用于地方治理环境污染、进行环境基础设施建设，开征环境税后，中央和地方收入分配的问题必须处理好。其次，要处理好环境保护税使用的问题。发达国家的经验表明，如果将环境保护税用于专门的环境基金，实现专款专用，公众就会支持这一税收，否则就会引起质疑。鉴于此，发达国家普遍建立了环境税专款专用制度，如法国将95%的环境保护税收入交由国家或跨地区的机构进行专款专用。我国可借鉴执行专款专用制度，将税收专门用来治理污染，建设环境保护设施，加强环境管理，以充分发挥环境税的作用。
处理好公平与效率之间的关系。环境税收制度要体现公平。在资源环境的开发、利用和保护上，所有主体一律平等，享有同等的权利，承担同等的义务，因此，也应对自己所耗费环境资源负担相应的成本代价。与此同时，要注重效率原则。向纳税人征收环境保护税，会增加其成本，因此，确定合理的成本、使纳税人合理负税就显得尤为重要。若强制污染企业承担过重的污染责任，可能会使企业面临破产，显然不利于经济的可持续发展。因此，在设计环境税税率时，应保持总体税收的平衡和稳定，使纳税人不会因为缴税而不堪重负。
处理好国际之间的协作关系。当前，全球化深刻影响着每一个国家的利益。在这种背景下，征收环境保护税不能仅考虑本国国内的情况，还要综合考虑国际因素的影响和制约。由于环境税改变了相对价格，提高了企业成本，如果这一成本价格信号无法传递给国际用户，且税负转嫁难以实现，就削弱了本国企业的国际竞争力。因此，应高度关注环境税对本国企业参与国际竞争产生的副作用，加强同其他国家协作，力争做到协同行动，努力为本国企业创制适应国际化的条件，切实保护本国企业的竞争力。
处理好环境税收制度与经济发展的关系。开征环境保护税会深刻影响一个国家的经济发展。国际上一些学者对环境税如何影响经济发展进行了研究。有研究认为，开征环境税对经济发展起到副作用，并质疑弱式双重红利的存在；但也有研究认为，开征环境税对经济发展产生正效果，如MillockandNauges通过对法国空气污染税的经济影响的研究，认为环境税开征对经济增长有着显著的正影响。鉴于此，我国环境税的开征应与我国整体发展发展水平相适应，避免对经济发展产生副作用。应坚持合理适度的原则，以既能限制污染，又能促进生产方式转变为前提，建立适合我国国情的环境税收制度。
处理好环境税与其他环境保护手段的关系。开征环境税并不是解决环境问题的万能药方，它具有局限性，在有些环节或领域，它的作用可能会受到限制。在国外，为克服这一弊端，就将能源开发利用与环境保护相协调，注重将传统的行政手段同市场手段结合起来。因此，要将开征环境税与其他环境保护手段紧密结合起来，使之互为补充、协同共进。
