在南水北调中线源区采访中深深感受到，要想建立起水质保护的长效机制，必须要解决地区经济社会发展与水质保护之间的突出矛盾。这是目前一个非常现实的问题。
记者了解到，从2008年起，中央财政率先将水源区43个县(市、区)全部纳入国家重点生态功能区转移支付范围，享受中央财政转移支付政策。2012年还将污水处理、垃圾处理设施运行费用作为特殊支出纳入补偿范围，进一步加大生态转移支付力度。目前，中央财政已累计下达转移支付资金147亿多元。
此外，2012年，国务院还批复了《丹江口库区及上游地区经济社会发展规划》，从战略高度明确了未来一段时期水源区的功能定位和发展目标，增强水源区自我发展能力。
对地方来说，南水北调工程也在很大程度上推动了地方经济结构的调整。虽然转型中经历阵痛，但经济结构调整一旦走上正轨，不仅能带来巨大的生态效益，还有惠泽长远的经济效益。
虽然各地已经取得了一些经验和成绩，也摸索出不少成功的转型路径，但是，记者在采访中也注意到，各地方尤其是县级以下政府，目前面临的最大问题仍是资金短缺，尤其是部分国家财政预算内的扶持资金迟迟不能到位。地方不少被强制关闭企业的遗留问题、被取缔网箱渔民的补偿款问题以及后续发展问题，都受制于此。
基于地方实际情况，南水北调办公室正在争取有关部门研究建立市场化生态补偿机制，如在工程供水水价中安排一定比例的资金用于水质保护等。
此外，对口协作工作正在有序推进。近1年多来，北京市分别与河南、湖北两省签订战略合作框架协议，安排5000万元支持河南省淅川县金银花种植基地建设;北京市还制订了《南水北调对口协作规划》，确定北京市16个区(县)与河南、湖北两省16个县(市、区)建立“一对一”结对关系，每年安排5亿元引导资金用于对口协作重点领域。
从这些点滴进展中可以看到，虽然仍有不少问题存在，但随着双赢机制的进一步完善，地区经济社会发展与水质保护之间的矛盾正逐渐解决。
