在日本，土壤污染属于典型的七种公害(大气污染、水质污染、土壤污染、噪音、震动、恶臭、地基下沉)之一，是重点防治对象。不过随着日本制定了相关法律，对农田的土壤污染和城市的土壤污染都进行了严格规范，这个问题相对来说得到较好的解决。
曾深受土地污染之害
日本曾发生很多土壤污染事件，例如四氯乙烯(又称全氯乙烯)因洗净能力强和非易燃性的特征，被称为“梦幻洗剂”，曾被作为干洗剂广泛使用，导致废液大量渗透到地下。六价铬矿渣也曾被用于填埋东京都江东区的一些低洼地区，现在江东区仍存在六价铬污染问题。
日本农田土壤受到污染的事件以富山县在二战之后发生的“痛痛病”最为致命：矿山废水中含有的镉污染水田后，导致食用大米的居民出现慢性镉中毒。
1970年，受痛痛病事件的影响，日本国会修改《公害对策基本法》(现《环境基本法》)，将土壤污染追加为典型公害，并且在当年12月公布了《农用地污染防止法》。该法要求，为了预防、清除和合理利用遭受特定有害物质污染的农用地，要采取必要措施。该法针对以下三种特定的有害物质，即镉及其化合物、铜及其化合物、砷及其化合物。
根据法律规定，都道府县知事在确认农用地遭受了这些特定有害物质污染后，要将农用地指定为“土壤污染对策地区”，制定治理计划，采取清除污染土、添加客土、改变水源、转作他用等措施。消除污染之后才能解除其“对策地区”的身份。
1976年，日本又修改了《废弃物处理法》，制定了最终填埋场的设施标准，加强了对有害物质的限制。
近年来，日本一些位于城区、曾经处理有害物质的工厂由于工业结构转变，被转用作住宅区，发生了住宅区污染物超标的问题，导致居民与地产商或者是地产商与土地所有者打起官司，例如东京都足立土地开发公社的土地买卖诉讼、爱知县小牧市的桃花台新城的土壤污染诉讼等。
桃花台新城所在地区，由于1957年后曾经有长达10年时间被用于堆积工业废弃物，2006年发现了超过环境标准值170倍的铅等有害物质。居民为此发起诉讼，要求退还房款。
在城市的再开发过程中，需要解决工厂原址的重金属类和挥发性有机物污染土壤和地下水的问题，而以前的《农用地污染防止法》只针对农田，为此，2002年5月日本制定了《土壤污染对策法》。该法2010年又做了大幅修改。
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根据《土壤污染对策法》，处理有害物质的设施所在的土地，在该设施废弃时，必须要调查土壤污染状况。在土壤污染调查中发现确实遭受污染，将被划为“指定区域”，在指定区域登记册上公布。一旦被划为“指定区域”，有时根据都道府县知事的命令，需要采取措施清除污染和防止污染扩散。由于出售工业旧址时，土地所有者必须要事先进行调查，所以提前发现了很多污染状况。
此外，在翻建建筑物的时候，一般也要事前进行环境调查。特别是建设公共设施如小学和医院时，都要对土壤和地下水进行检查。例如，东京都政府准备将批发鱼类的筑地市场迁移到丰洲，由于丰洲曾建有天然气工厂，为了化解人们对当地土壤污染的担心，政府对丰洲的地质、地下水、空间放射量、土壤等的情况进行了详细调查，并且予以公布。
在城市中，为了防止出现新的污染，还通过《水质污浊防止法》限制有害物质渗入地下，同时根据《废弃物处理法》对废弃物的填埋方法进行限制。
为了让公众知情，如果发现土壤被污染，都道府县知事要指定区域，制作登记册，并且能够让公众阅览。都道府县政府的主页上也会公布污染土地的状况，说明需要采取措施的地点、面积、含有的有害物质等，内容极为详尽，从而有助于消除居民的疑虑。
关于防治土壤污染的措施，除了覆土、铺装、封闭等，还包括运到工厂进行无害化处理。2010年4月1日，《土壤污染对策法》修改后，为了根据法律严格处理污染土壤，每家污染土壤处理设施都需要都道府县知事的批准才能开业。都道府县的负责人审查时，要确认是否符合环境省制定的标准。各都道府县的主页上都会公布有资格处理污染土壤的厂家名单。
