环境保护部部长陈吉宁在2016年环境保护工作会议上指出，要提高环境管理系统化、科学化、法治化、精细化和信息化水平。实施流域共治是提高我国水环境管理系统化水平的重要手段。将流域作为水环境管理的基本单元，协调流域内各利益相关者的力量，解决流域内最突出的环境问题，是一种有效的水环境管理方式，是落实党中央关于以改善环境质量为核心重要决策部署的具体实践。
我国《水污染防治法》规定，防治水污染应当按流域或者按区域进行统一规划。但是，在水环境管理相关政策制定和实施过程中并未系统地考虑流域管理方法，已实施的重点流域水污染防治规划及相关项目未对人力、财力和物力进行充分有效的整合，致使《水污染防治法》中加强流域管理的要求未能得到全面落实。主要表现在以下几方面：
我国用于环境管理的流域划分较粗，影响流域水环境管理的系统化水平。目前，我国对流域的划定尺度较大，国家层面只对大江大河制定了流域环境保护规划，各省未对辖区内的水体按照水文地质条件进行流域划分。比如饮用水水源保护区的范围大都是按照推荐的经验值进行划定，致使污染源、水环境管理措施和水质之间未建立响应关系，影响了管理效率。
地方政府决策缺乏流域整体思维，降低了水环境管理的效率。目前，我国的水环境管理存在多龙治水的现象，各级政府相关部门投入的人力、物力和财力比较分散，统一协调不够，投入产出效率低。从流域保护角度出发，流域范围内的各相关政府部门、工业企业、环保社团和普通公众都是流域保护的利益相关者，应对流域环境实施共同治理。但是，由于未建立流域水环境管理的框架，各利益相关者缺乏沟通，未将有限的资源投入到最需解决的水环境问题上，降低了水环境管理的效率。
跨行政区域的协作机制不健全，加大了流域系统化管理的难度。根据《水污染防治法》，跨行政区域的水污染纠纷由有关地方人民政府协商解决，或者由其共同的上级人民政府协调解决。目前，我国水环境管理主要是按照行政区域进行分工管理的，由于地方行政分割、跨行政区域的协作机制不健全，地方在取水、排污等问题上追求本行政区域综合利益的最大化，缺乏对下游利益的考虑，导致出现上下游跨界断面水质目标不一致的情况，进一步加大了流域系统化管理的难度。
水环境管理政策制度与流域水环境质量目标衔接不够。目前，我国实施的排污许可制度、总量控制和财政投资分配政策未与流域水环境质量建立有效衔接。排污许可证的核发多以排放标准和总量控制指标为依据，未将流域水质作为约束条件;总量控制指标实施自上而下的分配方式，也未开展基于流域水质的减排指标筛选和核算;水环境管理财政投资分配和项目筛选前未进行系统的流域水环境管理优先问题的识别和筛选，使得投资和需求不对应。
美国环保局从20世纪90年代起逐渐将流域管理方法运用到水环境管理的各项政策中，并制定了《流域保护方法框架》。在排污许可证发放管理、水源地保护和财政资金优先资助项目筛选等方面充分考虑流域的水质改善和保护，促使各项管理制度在实施过程中可以将有限的资源用于最急需解决的水环境问题上，有效提高了管理效能。美国在流域管理和流域共治方面的经验对提高我国水环境管理的系统化水平有重要借鉴意义。
美国环保局推进实施《流域保护方法框架》，目的是集中各利益相关者的力量，整合和改进已有水环境管理项目。20世纪90年代后，美国环保局在具体政策制定中采用了“流域方法”。
一是按照水文地理条件科学划定饮用水水源地保护区。1996年颁布的《安全饮用水法》要求实施饮用水水源评价和保护项目，具体实施过程中要求各州根据水源地的实际水文和地理条件划定水源保护区。在1997年美国环保署颁布的《州水源评价和保护项目指南》中，要求各州设立技术咨询委员会和公众咨询委员会，为包括流域机构、健康组织、企业、土地所有者和弱势群体等在内的各方，提供足够的参与水源评价和保护的机会。
二是在州层面建立流域水质问题协调机制。与我国的情形一致，美国的水环境管理由州和部落主要负责。在州层面，各州需要对辖区内水体进行划分，规定其功能和水质标准，上游的水质控制必须满足下游的需要。部分州还建立了以流域为单元的水质管理机构，比如加州环保局下设9个区域水质控制委员会，分管辖区内县市的水环境管理工作，便于流域保护方法和相关政策的落实。
三是水污染排放许可证的核发过程中考虑流域水质标准和多种污染源的影响。美国的水污染排放许可证实施初期，仅按照排放标准进行核发，并没有考虑流域水质标准的要求。基于排放标准的排污许可证发展到一定阶段时，发现达到排放标准后仍然不能使水体水质达标。在推进“流域方法”过程中，美国环保局对水污染排放许可证的核发进行了改进。对于不达标水体，要求各州实施最大日负荷总量项目，将污染负荷在具体流域内相关点源和非点源间进行分配，进而实现水质标准对点源排放行为的约束，建立了基于排放标准和水质标准双重约束的排污许可证核发制度，保证水体水质达标。
四是财政投资过程中，将与解决流域优先水环境问题的相关项目作为优先资助对象。美国环保局于1996年颁布了《清洁水州周转基金资助框架》，对联邦水环境保护领域最大财政投资项目的资助项目筛选框架进行了规定，要求各州整体考虑流域水环境问题，制定评分方法，评估本州的水环境问题与申请基金的项目优先级，以使有限的资金投入到对水质改善作用最大的项目上。
目前，我国在流域管理方面已经积累了一定的经验，但是我国水环境管理的系统化水平仍然较低。提高水环境管理系统化水平，我国应充分借鉴国际先进经验，从管理思路、制度建设和协调机制3方面进行创新。
第一，建立流域共治的水环境管理思路。在水环境管理中，建立从中央到地方的流域共治管理思路。确立以水环境质量改善为核心的总体目标，按照水文地理条件科学划定流域管理范围，通过识别具体流域的最突出水环境问题，集中流域内相关政府部门、工业企业、农民、研究机构和公众的力量，实施多方共治。
第二，采用流域管理方法完善水环境管理的各项制度和规划。在排污许可制度、总量控制制度及流域保护规划制定和实施过程中，积极采用“流域方法”。在排污许可证的核发过程中，要将排放标准和流域水体水质标准作为双重约束，保证排污许可与水环境质量挂钩;总量控制指标分配过程中要考虑流域的水体水质;流域保护规划要基于科学的流域划定和风险评价。
第三，加强流域保护各利益相关者的协调。多方参与和部门协调是流域水环境管理的重要内容。在流域保护过程中，应建立完善的多方参与和部门协调机制，保证上下游的各相关部门和利益相关者均能参与到流域水环境保护中。
