全热式交换器可采用两种控制方式：一种是与室内外机连动，即将全热式交换器的电源线接入室外机；另一种是在每个楼层单独控制，即将全热式交换器的电源线直接接入每个楼层的空气开关或控制器内。
当然，外接冷热源的新风机系统作为最常用的一种新风系统，也具有其优点，最典型的就是送入房间内的新鲜空气都是经过集中处理的，送风温度比较接近室内温度；而全热式交换器其送回风热交换的效率在70%左右，这样有部分负荷需要室内空气提供。
针对上述的情况，在设计时将新风送风管直接接入室内末端出风口处，将空气进行第二次混合处理，以最大程度保证新风温度接近室内温度。
综上所述，虽然由于全热式交换器新风系统采用双风道系统，风管安装比较复杂，但是由于减少了水系统，安装费并没有太大变化，所以我们不难看出在中小型建筑中全热式交换器新风系统是比较可取的。
