2007年3月，水利部发布了《再生水水质标准》，对再生水的分类、水质管理及水质监测进行了严格要求。
再生水补充地下水，主要是通过地面入渗和地下灌注的方式，将再生水人工回灌到地下含水层，使再生水参与地下水循环，再生水的水质将直接影响地下水体和含水层，其不良影响往往具有滞后性和长期性。对于回灌地下水，重点考虑的因素有:水中的有机物、有毒物对水体的污染；回灌过程中不造成堵塞。因此，回灌地下水水质的控制项目主要包括:1)常规指标:色度，浊度，嗅和pH值；2)有机污染物指标:溶解氧，五日生化需氧量(BOD5)和化学需氧量(CODCr)；3)无机污染物指标:总硬度，氨氮，亚硝酸盐氮，溶解性总固体，汞，镉，砷，铬，铅，铁，锰，氟化物和氰化物；4)生物学指标:粪大肠菌群。
再生水利用于工业用水，重点考虑的因素有:水垢，腐蚀，生物生长，堵塞，泡沫以及工人的健康。因此，再生水利用于工业用水水质的控制项目主要包括:1)防止设备堵塞的水质指标:浊度和悬浮物(SS)；2)防止设备腐蚀的水质指标:色度，pH值，总硬度，五日生化需氧量(BOD5)，化学需氧量(CODCr)，溶解性总固体，氨氮，总磷，铁和锰；3)生物学指标:粪大肠菌群。
再生水利用于农、林、牧业用水，重点考虑的因素有:对土壤性状的影响，对作物生长的影响和对灌溉系统的影响。因此，利用于农、林、牧业用水水质的指标主要包括:1)影响土壤和植物生长的指标:色度，pH值，总硬度，五日生化需氧量(BOD5)，化学需氧量(CODCr)，溶解性总固体，汞，镉，砷，铬，铅和氰化物；2)防止灌溉系统堵塞的指标:浊度和悬浮物(SS)；3)影响环境卫生的生物学指标:粪大肠菌群。
再生水利用于城市非饮用水，重点考虑的因素有:水体环境的要求，人体健康的要求和输水管网的要求。因此，利用于城市非饮用水水质的控制项目主要包括:1)影响生态环境的生物化学指标:五日生化需氧量(BOD5)，氨氮和溶解性总固体；2)影响感官的指标:色度，浊度，嗅和阴离子表面活性剂(LAS)；3)影响管道设备的指标:pH值，溶解氧，铁和锰；4)影响环境卫生的生物学指标:粪大肠菌群。
再生水利用于景观用水，重点考虑的因素有:人体感观的要求和水生生物的生长要求。因此，利用于景观用水水质的控制项目主要包括:1)影响人体感观的指标:色度，浊度，嗅，悬浮物(SS)，阴离子表面活性剂(LAS)和石油类；2)影响水生生物生长的指标:pH值，溶解氧，五日生化需氧量(BOD5)，化学需氧量(CODCr)，氨氮和总磷；3)影响环境卫生的生物学指标:粪大肠菌群。
