洁净室除了要完成上述的功能、目的外，因为制造过程中工艺生产设备都是在洁净室内操作的，以供生产工艺机台使用，洁净室与各系统关系如下：
为了达到洁净室的功能目的与制造过程设备支持以及系统动力需求、人员操作安全等，在洁净室的建造过程中，除了厂房的主体结构施工外，还有洁净建筑装饰施 工、净化空调系统及其风管、过滤器的施工安装、高纯水系统及其管线的安装、高纯气体系统（含特种气体供应等）及其管线安装、真空系统及其管线的安装、化学 品供应系统及其管线的安装、各种排风和排气系统及其处理设备的安装、消防安全报警系统及其控制设备的安装、变配电、电气系统及其桥架、配管配线的安装、照 明系统及灯具的安装、防微振装置的安装、生产工艺设备及其配管配线的安装等。
在上述众多的施工安装工程中，除了工期紧迫、交叉施工多、工序组织难度高外，更要遵循洁净室内的建造管理原则，因此，除非由具有丰富经验的专业管理团队来担任此艰巨任务，否则是难以圆满完成的。
作为置放生产机台主体的洁净室，其在整体工程的重要性不言而喻，做好洁净室的施工管理，就等于为未来生产的顺利成功打下了坚实的基础。洁净室功能目的的三 大控制重点粉尘、温度、湿度，是由气密、回风、过滤、冷却、新风等来主宰，而完成这些功能的系统设备就是构成洁净室的主体：内装（吊顶、墙板）、DCC、 MAU、FFU。
