建设生态文明是党的十八大提出的重要目标之一。党的十八届五中全会再次强调要“坚持绿色发展”，具体措施包括建立健全用能权、用水权、排污权、碳排放权初始分配制度等。其中，排污权等是环境形势严峻的大背景下出现的新型权利，具体内容和范围还有待明确，如何进行初始分配至关重要。
排污权的初始分配建立在排污总量控制的基础之上，需要着重解决的是环境保护中的代内公平问题。排污权分配实际上是当代人总体上可以排放的污染量在具体使用人之间的分配，公平是其首要原则。而要实现真正的公平，需要遵循以下基本原则。
一是平等原则。公平本身意味着某种程度的平等，排污权分配的平等原则要求所有主体在环境资源分配上地位平等，都有获得排污权的平等权利。在理想的情况下，应当将排污权平均分配给所有人，然后由其决定直接使用还是转移给他人。但现实情况的复杂性并不允许这种绝对的平等，所以只能区分不同的情况，对属于同样情况者同等对待。即在初始获得排污权时，处于相同境遇的人应当具有同等的权利。当然，对同样情况的认定不应当考虑不相关因素。例如，对于某区域内硫化物的排污权，生产中产生硫化物的企业应当有平等的机会获得排污权。
二是有偿原则。有偿原则是指获得排污权应当支付相应的代价。人们最初排放污染物时是无需付出代价的，之后对排污征收费用一般也是针对过度的排污行为征收。而对于在政府总量控制之下并符合环境标准要求的排污是否应当付费存有争议，特别是在历史形成了惯例的情形下。而考虑到以下因素，对排污权的分配应当采取有偿原则：首先，排污权的有偿分配是对排放污染的外部成本内部化，有利于环境问题的解决。其次，排污权有偿分配有助于实现环境公平。现实中排污权的分配不可能做到绝对的平等，因此无偿的分配就是一种显而易见的不公平，而有偿分配可以在一定程度上解决这一问题。
排污权分配中贯彻的有偿原则可以采取直接和间接两种形式实施。直接的形式即经济补偿，获得排污权须支付一定代价。间接的形式一般是生态补偿，即由排污者负责保护生态环境或者治理环境污染，作为其获得排污权的代价。
三是尊重历史原则。虽然排污权的初始分配是一个政府主导的自上而下的过程，但现实中污染排放的实际状况也是必须考虑的因素。排污权分配的尊重历史原则要求在确定排污权分配范围甚至具体的排污权人时，应当以污染排放的现实状况为依据，优先考虑原有的合法排污者。
排污权分配中之所以需要尊重历史，理由在于：一是出于对历史上既存的权利的承认和继承。在环境污染成为一个严重的社会问题之前，人类一直在利用环境资源，其中一部分排污行为已经获得正式制度的接纳而成为法律上的权利，另一部分则可能以法律之外的自然权利的状态存在。排污权分配制度作为社会制度演化的结果，应当对历史上既存的权利予以承认和继承，方能顺应社会的发展并获得自身的合法性基础。二是出于对现实需要的尊重。现有排污者通常在经营方面具有相对的优势，承认这种优势既可以提高管理的效率，又较容易获得社会的认可。
排污权分配的尊重历史原则就是对不违背现行法律的排污行为在原则上认定为合法，并以一定形式纳入分配体系。排污权分配中，对污染排放现状的考虑以现实的排污行为不违背现行法律为条件，如果排污行为本身属于非法，例如超标排污或者企业经营行为违法等，则其实际污染排放状况不应在总量分配时考虑，并应当予以纠正或者取缔。同时，为了实现平等原则，排污权分配的尊重历史原则应当与排污权的交易和政府收回制度相配合，亦即应当为潜在的排污者预留合法的进入途径。
四是支持产业政策原则。产业政策包括产业机构政策、产业组织政策和产业布局政策，是国家对经济实施宏观调控的重要手段。产业政策法是经济法的重要内容。产业政策在一定程度上体现为对不同地区、不同产业和行业的鼓励发展或者限制发展。在排污权的分配中，对产业政策的支持主要体现在向优先发展行业倾斜，即在污染排放总量需要限制的情况下，向优先发展的行业多分配排污权，而少施加限制。对于产业组织政策和产业结构政策，也可以通过对排污权分配的控制来实现。例如，将排污权分配给多个企业，可以防止一两个企业在相关生产领域的垄断经营。
排污权分配对于产业政策的支持是基于共同的公共利益基础，即政府实施产业政策与排污总量控制和分配都是出于公共利益的需要，而且两者存在一定程度的重合。为了实现政府公共管理的目标，支持产业政策的实施应当是排污权分配的一项基本原则。
五是效率原则。一般认为，公平与效率存在一定程度的冲突，社会制度特别是经济制度的构建究竟应当效率优先还是公平优先始终存在争论。折中的观点认为应当兼顾效率和公平、实现两者的平衡。虽然排污权分配需要首先考虑公平原则，但这并不意味着放弃效率原则，在公平的总目标下，效率原则也是排污权分配的基本原则之一。
排污权分配的效率原则，是指政府进行排污权的分配要有利于企业效率的提高，以有限的排污量获得最大的经济效用。排污权分配的效率原则体现在以下几方面：首先，合理确定排污权分配时征收的费用。征收的费用应当尽量反映排放污染所带来的外部成本，促使企业进行正确的成本收益核算，保证企业生产活动的总收益大于总成本，最终促进整个社会生产活动效率的提高。其次，排污权分配制度应当保证使用效率最高者获得排污权。特别是生产领域即企业间分配排污权，应当将使用效率作为重要因素。例如，可以通过竞价的方式分配排污权，从而将排污权分配给具有较高生产效率的企业。第三，排污权分配制度的运行应当具有效率。亦即以较低的成本完成排污权的公平、合理分配。
