近年来，吉木萨尔县立足水资源匮乏、生态环境脆弱的区情实际，按照“节约生活用水，压减农业用水，增加生态用水，保证工业用水”的水资源配置要求，认真落实最严格水资源管理制度，严控水总量、用水效率和水功能区限制纳污“三条红线”，不断强化水资源管理，调整用水结构，优化水资源配置，着力解决用水效益不高、用水结构不合理等突出问题。
一是强化水权配置与管理。制定了全县用水总量控制配水方案，明确各行业、各乡镇的年度水权，严格落实用水总量控制、用水效率控制及定额管理用水制度;全面加强取水许可管理，从严控制工业用水增长，鼓励工业用水通过水权转换和节约挖潜增长，加强对许可取水的日常监督检查力度，确保许可取水项目的规范运行。
二是加强地下水资源保护和管理。按照地下水配置程序，严把限量审批、缴费、刷卡等环节，建立健全台帐记录档案，对取用水、收费、维修施工等行为进行实时监控和精细化管理，规范机井建设的限量审批管理，加强地下水监测监控力度，严格限制地下水超采区水资源的年开采量。
三是大力实施高效节水灌溉工程。提高节水能力，将高效节水灌溉定额纳入到水权配置定额中，促进高效节水灌溉工程发挥作用，降低农业灌溉水量，大力推广发展高效节水技术，制定科学合理的灌溉制度，完善工程设施，因地制宜地推广膜下滴灌等高新节水技术，促进传统粗放型农业向集约型农业转变，形成了工程节水、农艺节水、管理节水的农业高效用水技术体系。
四是实行农业差别水价。将设施农业种植作物和采用高效节水技术种植的作物确定为低耗水高效益作物，在供用水上实行差别水价，限制高耗水低效益作物种植，促进低耗水高效益作物和发展，以水价格杠杆促进节水增收和农业结构调整。
五是规范水权市场交易。制定出台了《吉木萨尔县水权交易办法(试行)》，完善了水权交易规则，初步建立了政府监管、市场调节的水权交易管理体系，鼓励区域间、行业间的水权交易，促进水资源从高耗水、低效益行业流向低耗水、高效益行业，推动水资源的优化配置。
六是加强水源地管理与保护。划定水功能区划，划定东大龙口水库为城市饮水区，在饮用水水源保护区设立饮水水源地保护标志;对全县农村集中式饮用水水源地保护区和自来水供水厂设置了地理界标(界碑、界桩)、警示标志、宣传牌等保护设施。同时，依托定水质化验室，建立和完善了水源地水量、水质监测体系，定期不定期对饮用水水源地及过渡区水质进行检测化验。同时，县疾控中心、县卫生监督所按季度对饮用水水源地及过渡区水质进行监测分析。
