环境保护部科技标准司司长熊跃辉指出，城市河道的黑臭治理，要遵循“外源减排、内源清淤、水质净化、清水补给、生态恢复”的技术路线。其中外源减排和内源清淤是基础与前提，水质净化是阶段性手段，水动力改善技术和生态恢复是长效保障措施。
一是外源阻断技术。针对缺乏完善污水收集系统的水体，通过建设和改造水体沿岸的污水管道，将污水截流纳入污水收集和处理系统，从源头上削减污染物的直接排放。针对目前尚无条件进行截污纳管的污水，可在原位采用高效一级强化污水处理技术或工艺，快速高效去除水中的污染物，避免污水直排对水体的污染。
城市面源污染主要来源于雨水径流中含有的污染物，其控制技术主要包括各种城市低影响开发(如海绵城市)技术、初期雨水控制技术和生态护岸技术等。
二是内源控制技术。清淤疏浚技术通常有两种：一种是抽干湖/河水后清淤;另一种是用挖泥船直接从水中清除淤泥。
三是水质净化技术。人工曝气充氧，可以提高水体溶解氧浓度和氧化还原电位，缓解水体黑臭状况。需要注意的是，化学絮凝法的费用较高，并且产生较多沉积物，某些化学药剂具有一定毒性，在环境条件改变时会形成二次污染。人工湿地技术是利用土壤—微生物—植物生态系统对营养盐进行去除的技术，多采用表面流湿地或潜流湿地，湿地植物可选择沉水植物或挺水植物。生态浮岛是一种经过人工建造、漂浮于水面上供动植物和微生物生长、繁衍、栖息的生物生态设施，通过构建水域生态系统对水体中的污染物摄食、消化、降解等，实现水质净化。稳定塘是一种人工强化措施与自然净化功能相结合的水质净化技术，可利用水体沿岸多个天然水塘或人工水塘对污染水体进行净化。
四是水动力改善技术。调水不仅可借助大量清洁水源稀释黑臭水体中污染物的浓度，而且可加强污染物的扩散、净化和输出，对于纳污负荷高、水动力不足、环境容量低的城市黑臭水体治理效果明显，但对水资源是一种浪费，应尽量采用非常规水源，如再生水和雨洪利用。
五是生态恢复技术。在有条件的地方，要实行区域限磷或提高污水总磷排放标准。藻类生长人工控制技术包括各种物理、化学和生物技术。物理控制技术包括藻类直接收集和紫外线杀藻等，化学控制技术包括投加无机或有机抑(杀)藻剂，生物控制技术包括种植抑藻水生植物或投放食藻鱼类等。这些措施一般在应急时采用。
治理黑臭水体，要采取以下管理对策。
一是建立以溶解氧为核心指标的评价体系。黑臭水体治理的关键是改善水体的溶解氧状态，使水体由低氧/厌氧恢复到正常的好氧状态。建议以溶解氧为核心，建立包括臭阈值、透明度、色度等指标的黑臭水体评价体系。其阈值为：溶解氧1mg/L、臭阈值100、透明度25cm、色度20，当其中任意一个指标值超过阈值时，则可判定其为黑臭水体。按照《水污染防治行动计划》任务分解，评价体系将由住房城乡建设部门负责编制。
二是先截污后修复，综合手段治理黑臭水体。在流域尺度上采取污染源工程治理等截污措施，能够大幅度削减入河污染负荷，是消除黑臭问题的首要举措。同时，将河岸带修复、人工充氧等河道内工程措施作为污染负荷削减的重要补充手段。在河流水质得到有效改善的基础上，通过水生生物等的恢复，逐步实现河流生态修复，消除黑臭。
三是改善生态条件，让水流动起来。一般情况下，维持河流水体流速0.4m3/s～1.0m3/s，就可以打破溶氧跃变层形成的理化条件，使得水土界面层的溶氧维持在3mg/L以上，可以有效控制水体底质污染。流水不腐，是缓减甚至基本消除河流黑臭的关键因素。
四是构建岸边绿化带，增强水体自净能力。必须彻底清除沿河垃圾，严格控制有色有味污染源直排，对岸边带进行绿化改造，恢复其自然状态，建立河道保洁的长效运行管理机制。要采用岸边植物、挺水植物和沉水植物搭配构筑的景观修复途径，有效改变水生态系统的能量和物质流动方式，形成具有自净功能的水体。
