随着医疗卫生行业的发展和医疗机构一次性产品的大量使用，医疗垃圾产生量增长迅速。最新数据表明，全国共有261个大、中城市向社会发布了固体废物污染环境防治信息，仅这261个城市在这一年中的医疗废物产生量就达到54.75万吨。
另有一项统计数据显示，2012年末，全国医疗卫生机构总数达950297个，床位572.48万张，按照每张床位平均每天产生1千克医疗废物计算，全国每年产生的医疗废物总量达到200万吨。
面对如此庞大的垃圾产生量，很多城市却是由一个或少数几个垃圾处理机构以焚烧的单一方式处理医疗垃圾。一旦发生垃圾焚烧厂停摆的情况，政府和医院在医疗废物的管理和日常运作上，都将面临巨大的挑战。
实际上，医院产生的垃圾有很大一部分是和城市生活垃圾类似的低风险垃圾，约占75%～90%，剩下的10%～25%被认为有害、可能会造成健康风险，医院中有传染性的垃圾一般不超过垃圾总量的10%。减少垃圾产生量必须以有效的分类管理为前提，但是目前医院的垃圾分类水平，令人担忧。
医疗废物分类收集是实施医疗废物环境无害化管理的关键环节，但中国大多数医院并不重视医疗废物的分类处理，且开放性放置，无明显标志，分类水平不高。
医院一般配备普通生活垃圾桶和黄色的医疗垃圾桶，并在医院张贴标识告知就诊人员，将棉签等接触过病人体液的垃圾放入黄色垃圾袋中。但记者实地走访一些医院后发现，门诊和验血室等区域的黄色医疗垃圾袋里既有医疗垃圾，也有纸张、食品包装等一般生活垃圾。
一项在安徽省芜湖市某医院开展的调查显示，部分医务人员的分类概念不清，将非感染性垃圾，例如医疗用品外包装，混入黄色医疗垃圾专用袋内。这种做法虽然未造成疾病传播的危害，但增加了医疗垃圾的处理成本。
某基层医院开展的关于医疗垃圾管理和处理现状的调查也显示，垃圾分类存放的合格率只有45%。调查还指出，很多医疗垃圾在没有消毒的情况下，运到垃圾中转站处理，这就有可能造成垃圾在转运过程中发生二次污染。
很多地方医疗垃圾处理收费是按床位计算，医院产生的垃圾量与缴纳的处理费没有直接关系。如果医院提高管理水平，减少了垃圾产生量，而床位数不变，垃圾处理费并不会减少，这样不利于激励医院开展源头垃圾分类和减量。
医疗废物成分复杂，包括感染性废物、病理性废物、损伤性废物和化学性废物等等，涉及纺织品、塑料、玻璃、金属和人体组织等不同材质，单一的处理方式很难实现对各种医疗垃圾的无害化处理。
针对不同类型的医疗垃圾，已经有不同的处理方法和设备被开发出来，并在世界各地应用。为了减少全球二恶英和呋喃污染，关于持久性有机污染物的斯德哥尔摩公约以及世界卫生组织建议使用其他方式替代焚烧。高压灭菌可能是最广泛被采用的非焚烧消毒方式，此外还有化学处理技术、微波处理技术和等离子处理技术等。
现在国内普遍采用的是焚烧处理，这种处理方式往往会产生大量的有害气体混合物，包括盐酸、二恶英和呋喃，以及有毒金属铅、镉、汞等。
一套较为完整的医疗废物焚烧处理系统，应包括进料系统、焚烧炉、燃烧空气系统、启动点火与辅助燃耗系统、烟气净化系统、残渣处理系统、自动监控系统及应急系统，其中的烟气净化系统就是用来消减因焚烧产生的二恶英、汞等剧毒物质。但是，调查研究显示，一些医疗垃圾焚烧厂设备老旧，废烟废气都是直接排放的。
华南环境科学研究所曾以广东省某医疗垃圾焚烧厂为研究对象，通过采集分析焚烧厂及周边土壤和植物样品，了解焚烧厂多环芳烃(PAHs)分布特征、来源及污染程度。结果显示，医疗垃圾焚烧厂周边的土壤受到一定程度的PAHs污染，在土壤中检测出16种多环芳烃，总PAHs含量范围为11.83ng/g～788.24ng/g，均值为236.681ng/g;在研究区域盛行风下风向的土壤中，总PAHs含量明显高于盛行风上风向土壤中的含量，并且土壤中的总PAHs的浓度随着距离的增加呈现逐渐降低的趋势。
