媒体记者从环保系统内部了解到，“水十条”的起草工作自2013年4月起，先后6次征求中央及国务院34个部门和单位意见，历时近2年，共修改30稿之多。相比之下，2013年6月国务院总理李克强主持召开国务院常务会议，部署大气污染防治措施编制工作，仅3个月后国务院便正式发布“大气十条”。“水十条”的编制到底难在哪? 参与起草的环保部环境规划院水环境规划部主任王东告诉南都记者，方案每次更改都需要各方讨论，其间还穿插了2次征求各省(区、市)政府意见、3次组织专题调研。一方面，水污染从技术上远比大气问题复杂;另一方面，水环境涉及部门又比较多，一些地方希望预留更多发展空间，导致中央与地方、各部委之间都需要很长时间磨合。
自古有“九龙治水”一说，而国内治理水环境的部门远比9个要多。全国工商联环境商会秘书长骆建华介绍，建设、农业、水利、国土、环保部门分别负责市政给排水管网与污水处理厂的建设、农村面源污染的治理、水资源保护、地下水资源监测、水污染物减排等工作，发改委负责重点流域水污染综合治理，海洋部门负责海洋污染的监管，工信部门负责工业水污染防治，交通部门负责航运污染防治等。现实中各部门出于自己的诉求，往往会产生分歧。
30次易稿做了哪些修改，争议最大的地方又在哪?王东说，最终定稿作了全方位调整，最大的分歧主要集中在如何定制时间表和量化目标，比如是突出治理劣Ⅴ类还是强调Ⅲ类以上水质的保护等。此外，“水十条”的结构应该按领域划分还是按要素划分也有较大争议。“开始是按照流域进行水污染防治，比如饮用水、海域等体例，后来考虑到按任务类型划分更有利于明确分工，就分为控源、节水、水资源保护、产业结构调整等方面，脉络也更清晰。”
王东介绍，之所以设立2050年的预期而并未量化，就是因为发展太快很难预期。此外目标还需要结合技术是否可达与中国发展前景，比如，“水十条”开始定下的表述是“7大流域国控断面消除劣列Ⅴ类水质”，现在放宽到了“Ⅲ类水质要超过70%的目标”。
