在2016年的重庆政府工作报告中显示，“十二五”规划以来，重庆在推进生态文明建设，城乡环境质量上大幅改善，累计完成生态环保投入1411亿元人民币。重庆市环保局副局长陈卫表示，三峡库区的水污染治理成为重点之一。
据了解，重庆市委市政府2014年10月出台《关于加快推进生态文明建设的意见》后，各区县(自治县)、经开区投入190亿元推动落实生态文明建设工作，并按五大功能区域实行差异化考核，如在渝东北生态保护涵养区和渝东南生态保护发展区，生态环保工作权重高于GDP。
重庆市环保局副局长陈卫称，从三峡库区的生态保护工作上看，保护水环境安全必为重点。重庆长江、嘉陵江、乌江三江环绕，次级河流纵横交错，湖库众多，是全国重要的淡水资源战略储备库，其水污染防治成果关系到整个三峡库区的生态安全。
位于三峡库区腹心的万州区，作为重庆市“五大功能区”规划中的生态涵养区，重点打造了“点上开发、面上保护”的特色定位。万州经开区党工委书记、管委会主任蒲彬彬对此进行了解读。
“利用三峡库区丰富的岩盐和天然气资源，万州的化工业具有优势。”蒲彬彬表示，大量的化工产品生产必须寻求一个使其能循环节能的方法，解决污染物排放。他称，万州的做法是“让现有的优势产品循环化利用”，包括一些“一化”产品，就引进了许多企业做它的“下游”，如盐化工，已经形成了完整的绿色循环产业链。现万州经开区已成为国家循环化改造示范园区。
“对于工业污水排放如何管理，万州实行集中污水收集管理，在处理达标后才排放。”在污水处理上，蒲彬彬称，在未来的一到两年，还将陆续建立起多个乡镇污水处理厂。“不得不说，现万州区的城市污水处理率已经达到93%。”
“以往，各乡镇垃圾分别堆放，管理不当”，蒲彬彬表示，万州建立的垃圾发电厂将整个城市的垃圾集中起来，进行无害化处理，再将其能源用于发电，“这在重庆是走在前沿的一个方面”。此外，在进行大规模退耕还林、植树造林后，森林覆盖率已达到49%。
作为连续4年蝉联重庆空气质量优良天数之首的区县，巫溪县委书记唐德祥说，2015年县财政拨款1500万人民币用于生态文明建设，其中，水污染治理也是重点之一。
巫溪位于长江上游地区，是典型的山区农业县。唐德祥表示，县城新开工建立起了第二污水处理厂，现在年处理能力达3万吨，“以前不能满足污水的处理需求，现在包括在建的乡镇污水处理厂，已基本能承载整座城市的排污量”。此外，从长江重要的支流大宁河的水质监测结果来看，保持了国家Ⅰ类Ⅱ类水质标准。“2016年我们将继续加大水质监测力度，进一步改善环境质量。”
据重庆市环保局局长史大平透露，重庆于2015年建成的重庆环保投资公司在获得银行授信150亿元后，整合了国家、市级和区县(自治县)、经开区投资形成的110多亿元乡镇污水处理设施资产，至今已维护全市建成的809座乡镇污水处理设施。“到2017年，重庆将实现乡镇污水处理设施全覆盖。”
